Илья, я бы посоветовал следующее. Не знаю насколько верно, но лично мне помогло.
При очередной разборке я обратил внимание на зазор около 2 мм между защёлками крепления насоса и самим насосом.
Вот здесь появляется зазор
Насос как-бы болтался вверх-вниз. На сосок подачи топлива в систему перекачки я последовательно надевал колечки из бензостойкой ткани, вырезанные из диафрагмы жигулёвского бензонасоса. Не помню точно, но штук 5-6 у меня ушло, что бы полностью выбрать зазор между насосом и защёлками крепления насоса.

На сосок, который входит в это отверстие необходимо одеть 5-6 колечек.

Диафрагма бензонасоса ВАЗ. Кружочками отмечены места для вырезания.
Как я понимаю в этом месте с завода нет никакого уплотнения, и чтобы качать в систему перекачки часть давления уходит обратно в колбу. Не знаю насколько это логично, но после этого проблема ушла.
P.S. Обязательно посмотри укладку эжекционного насоса на дне бака с правой стороны ближе кпереди, потому что шланги жёсткие и устанавливаются только в одном положении, иначе он будет смотреть вверх и с него будет просто литься бензин. Этот шланг должен упереться в правую стенку бака и лечь практически по его кривизне.
После такой модификации топливо вырабатывалась до обнажения эжекционнных насосов на дне бака. Сейчас у меня машина останавливается, когда в баке около 5 литров. Это усовершенствование работало с просаженной резинкой на соске.
С помощью других резиновых колечек это делать немножко проблематично. Они обычно идут относительно большой толщины для такого тонкого дела. А вот колечки из диафрагмы в самый раз.